Відповідно до наказу Міністерства освіти і науки України в Ніжинському ліцеї Ніжинської міської ради здійснюється експериментальна робота за темою «Організаційно-педагогічні умови розвитку освітнього середовища ліцею в період реформування профільної освіти». Протягом 2022–2023 н. р. в закладі був  проведений ІІ (концептуально-діагностичний) етап експерименту. Колектив ліцею, до складу якого входять 42 педагогічних працівники (30 спеціалістів вищої категорії,  2 – першої, 5 – другої, 1 спеціаліст, 17 – мають звання «учитель – методист», 2 - «старший учитель», 14 – є кандидатами наук) займався пошуком нових підходів до формування освітнього середовища в старшій профільній школі. Методична робота педагогів була спрямована на досягнення високого рівня результатів навчання ліцеїстів, удосконалення системи профільної освіти, подальший розвиток технологій, формування в учнів соціальної компетентності, модернізацію науково-методичного забезпечення освітнього процесу.

Протягом концептуально-діагностичного етапу вчителі ліцею взяли активну участь у методичній роботі різного рівня, зокрема, стали учасниками 10 міжнародних, 38 всеукраїнських, 4 обласних, 8 міських конференцій, а також різноманітних тренінгів, семінарів, майстер-класів.

Колективом ліцею було створено Концепцію розвитку освітнього середовища ліцею, розроблені критерії ефективності організаційно-педагогічних умов формування освітнього середовища ліцею, де  кожен учень може розкрити свій потенціал у різних сферах життєдіяльності залежно від індивідуальних потреб, можливостей, здібностей та інтересів. Відповідно, у ліцеї налагоджена система роботи, яка передбачає різноманітні форми, методи співпраці з обдарованими учнями. Протягом навчального року збільшилася кількість учасників навчальних, інтелектуальних та творчих конкурсів. 57 ліцеїстів взяли участь у 30 творчих та навчальних конкурсах і змаганнях.

Звіт про завершення ІІ (концептуально-діагностичного) етапу експерименту на всеукраїнському рівні за темою «Організаційно-педагогічні умови розвитку освітнього середовища ліцею у період реформування профільної освіти» на базі Ніжинського ліцею Ніжинської міської ради Чернігівської області при Ніжинському державному університеті імені Миколи Гоголя був одноголосно схвалений та затверджений на засіданні науково методичної комісії з інноваційної діяльності сектору дошкільної, загальної середньої, професійної (професійно-технічної), позашкільної освіти та виховання Науково методичної ради Міністерства освіти і науки України.