Фінансування діяльності Ніжинського ліцею Ніжинської міської ради при НДУ ім. М.Гоголя здійснюється із нижчевказаних джерел:

•  Кошти державного та міського бюджетів (фінансовий звіт); потреби та напрями використання визначаються Управлінням освіти Ніжинської міської ради та відображаються у кошторисі

•  Благодійні внески батьків, що акумулюються на рахунку Управління освіти Ніжинської міської ради та витрачаються відповідно до напрямів, визначених в заявах батьків, про що свідчить фінансовий звіт

•  Кошти благодійного фонду «Фонд розвитку ліцею», що акумулюються на рахунку «Приватбанку» і витрачаються відповідно до рішень Піклувальної ради ліцею, про що свідчить фінансовий звіт