Історія Ніжинського ліцею, як навчального закладу нового типу, розпочалася у 1993 році, коли група викладачів-ентузіастів, серед яких були Олександр Григорович Шевчук, Олександр Ісакович Близнюк, Ніна Іванівна Лукашова, Григорій Васильович Самойленко, Петро Матвійович Дробот, Іван Іванович Кочерга, Василь Миколайович Сурков, Світлана Олександрівна Коваленко на чолі з кандидатом психологічних наук, доцентом кафедри психології Миколою Васильовичем Папучею, за ініціативи ректора інституту, академіка Арвата Федора Степановича, вирішила створити ліцей.

У своєму виступі на засіданні Вченої ради Микола Васильович, який став першим директором ліцею, сказав: «В условиях неимоверно трудного процесса рождения нового государства… было решено использовать большие возможности нашего института… и создать условия для получения полноценного, углубленного образования старшеклассников города и области, которые имеют желание и способности к этому. То есть – создать на базе института особое образовательное учреждение – лицей (на правах его подразделения)»

Несподівано швидко були відібрані учні, прийняті на роботу педагоги – і ліцей розпочав свій перший навчальний рік із 1 жовтня 1993 року. Заняття проходили в гоголівському корпусі НДПІ ім. М. Гоголя. Уже перший рік роботи виявився плідним, ліцей набув авторитету в місті, і Микола Васильович звернувся за підтримкою до тоді ще тільки обраного на посаду міського голови Михайла Васильовича Приходька. Новообраний мер поставився до проблем ліцею з повагою і розумінням, і завдяки його особистій участі у вирішенні питання вже в жовтні 1994 року було прийнято рішення виконкому «Про відкриття на базі Ніжинського педінституту ліцею». Тоді він називався Ніжинський ліцей при Ніжинському державному педагогічному інституті імені М. В. Гоголя.

У 1996 році його було реорганізо¬вано в Обласний педагогічний ліцей для обдарованої сільської молоді, проте в його склад завжди входили обласні й міські класи, фінансування яких здійснювалось за кошти як міського, так і обласного бюджетів.

Ліцей упевнено розвивався. Він декілька разів змінював своє розташування, аж поки в 2000 році, завдяки знову ж таки спільним діям університету й міської влади, не отримав, нарешті, майже окреме приміщення: під навчальні класи було перебудовано кімнати гуртожитку №1.

У 2003 році ліцей пишно відсвяткував своє десятиріччя, зібравши у своїх стінах величезну кількість друзів.

Здавалося, що в його долі нарешті все устаткувалось, проте восени 2004 року відбулися зміни, що були надзвичайно небезпечні для ліцею: заклад було вилучено зі структури університету. Його майбутнє тепер було досить сумнівним. І тоді – як і в 1994 році – ліцей урятувала міська влада: за ініціативи начальника Управління освіти Ніжинської міської ради Ольги Миколаївни Мороз рішенням виконавчого комітету Ніжинської міської ради, за підтримки міського голови М. В. Приходька було створено Ніжинський ліцей Ніжинської міської ради при НДУ ім. М. Гоголя. З метою збереження багаторічного досвіду співпраці ліцею та університету, створення умов для розширення зв’язків між закладами одразу ж було укладено Угоду про співпрацю між Управлінням освіти та Ніжинським державним університетом імені М. Гоголя щодо функціонування ліцею.

Саме під такою назвою і в такому статусі ліцей живе сьогодні, продовжуючи найкращі освітянські традиції, послідовно й наполегливо виконуючи свою місію, яка полягає у формуванні випускника – громадянина України, соціально компетентної, творчої, високоморальної особистості, здатної до самореалізаціїї й свідомого вибору власного місця в суспільстві. Метою діяльності ліцею є розвиток особистості учня шляхом упровадження системи профільної освіти.

Нині в ліцеї створено необхідні умови для інтелектуального й творчого розвитку учнів, ефективність яких підтверджується значними досягненнями навчально-виховної діяльності:

- протягом останніх п’яти років показники якості знань ліцеїстів перевищують 80%;

- майже 90% учнів демонструють достатній і високий рівень знань;

- четверта частина учнів навчається на «відмінно»;

- п’ята частина випускників нагороджується Золотою або Срібною медаллю.

Більш детальні дані про рівень навчальних досягнень учнів наведено в таблиці:

Уже багато років поспіль ліцей упевнено посідає перше місце за результатами участі ліцеїстів у II (міському) та III (обласному) етапах Всеукраїнських учнівських олімпіад із базових дисциплін.

Суттєво покращилась і матеріальна база. У 2008 році за фінансової підтримки батьківської громади в закладі відкрито комп’ютерний клас.

Завдяки спонсорській допомозі народного депутата України, Почесного члена Піклувальної ради ліцею І. І. Куровського ліцей отримав дві інтерактивних дошки, батьки випускників подарували ноутбуки й нетбуки. Це відкрило нові можливості для впровадження комп’ютерних технологій у навчально-виховний процес.

2010 рік приніс ліцею нові цікаві знахідки й досягнення:

- заклад став членом асоціації «Відроджені гімназії України»;

- ліцей визнано лауреатом громадської акції «Флагмани освіти і науки України»;

- Симан Світлана Михайлівна стала переможцем обласного туру конкурсу «Вчитель року – 2010» та брала участь у всеукраїнському етапі;

- розпочато дослідно-експериментальну роботу за темою «Система профільного навчання в ліцеї як засіб формування соціально компетентної особистості випускника», і ліцей отримав статус експериментального навчального закладу Всеукраїнського рівня (наказ №333 від 20.04.2010 МОН України).

Здійснення експериментальної діяльності суттєво оновлює зміст ліцейської освіти, адже сприяє професійному зростанню педагогів ліцею і, як результат, забезпечує активне впровадження інноваційних форм роботи.

Так, у 2010 році колективом ліцею за сприяння ЧОІППО було підготовлено спецвипуск журналу «Педагогічні обрії», який містить 43 статті вчителів закладу, що демонструють готовність учителів до впровадження компетентнісного підходу в навчально-виховний процес. У 2011 році в закладі було проведено науково-практичну конференцію «Компетентнісний підхід до організації навчально-виховного процесу в загальноосвітніх навчальних закладах: досвід, проблеми перспективи», що стала своєрідним звітом роботи колективу на концептуально-діагностичному етапі експерименту й окреслила нові напрямки діяльності.

Тоді ж за ініціативи Симан С.М. та Корінь І.В. було випущено першу збірку учнівської творчості «Сонце в долонях», яка вміщує прозові й поетичні літературні твори ліцеїстів.

Саме у 2011 році в ліцеї з’явились свої засоби масової інформації: сайт і газета. Сайт ліцею три роки поспіль було визнано переможцем серед сайтів загальноосвітніх навчальних закладів області, а газета є неодноразовим переможцем Національного конкурсу шкільних газет.

2012 рік виявився надзвичайно плідним для науково-дослідницької роботи учнів: 16 ліцеїстів стали переможцями обласного і двоє (Стеценко Каріна і Фесенко Вікторія) – Всеукраїнського етапу конкурсу-захисту науково-дослідницьких робіт учнів-членів МАН України. Команда ліцеїстів під керівництвом Шевчука О. Г. стала переможцем другої Всеукраїнської Інтернет-олімпіади Малої академії наук України «Відкрита природнича демонстрація». Ця перемога принесла не тільки моральне задоволення, але й ще один мультимедійний проектор для ліцею.

У 2013 році після п’ятирічного впровадження було підбито підсумки ЗНО на всеукраїнському рівні. За результатами зовнішнього незалежного оцінювання 2009, 2010 та 2012 років заклад входить до ста найкращих в Україні (журнал «ТІМО»). У 2012-2013 навчальному році ліцей увійшов у 300 найкращих шкіл України за результатами ЗНО з української мови, посівши 116 місце (це найкращий результат в області). І, нарешті, ліцей увійшов у десятку найкращих закладів України за версією журналу «Фокус».

Найяскравішою подією 2013 року стало святкування 20-річного ювілею ліцею. У рамках святкування було організовано перший учнівський кінофестиваль «Золотий кадр», здійснено презентацію досвіду діяльності ліцею на тему «Профільне навчання: у пошуках оптимальної моделі» за участю громадськості, зокрема представників Управління освіти, міського методичного кабінету, директорів шкіл міста, адміністрації та викладачів НДУ ім. М. Гоголя, депутатів Ніжинської міської ради, народних депутатів України Куровського І. І. та Карпунцова В. В., проведено яскравий святковий концерт «Віват, ліцей!», випущено книжку «Вперед і вгору» про минуле й сьогодення ліцею.

У 2014 році за підсумками конкурсу «Відкрита Польща» ліцей увійшов до 100 кращих шкіл, які стали закладами-партнерами Фундації CEASC та отримав можливість брати участь у спільних європейських проектах (тривалість проекту – 2014-2020 роки).

2015 рік приніс нові здобутки. Найяскравішою учнівською перемогою стали здобутки Коткової Ангеліни, яка отримала два дипломи на III (всеукраїнському) етапі Всеукраїнського конкурсу-захисту науково-дослідницьких робіт учнів-членів Малої академії наук України (диплом II ступеня у секції «Українська мова» та диплом III ступеня у секції «Іnternеt-технології та WEB дизайн»). Такі досягнення стали підставою для того, аби саме Ангеліна була представником від Чернігівської області на зустрічі з Президентом України з нагоди Дня науки 18 травня 2015 року.

Обдаровані учні – найдорогоцінніший скарб ліцею, найбільше досягнення закладу. Помітною подією 2015 року став вихід у світ книги «На крилах натхнення: обдарована молодь ліцею». Ініціатором видання була Коткова Л.І., матеріали до книги надавали учні, батьки, учителі, представники влади, громадськості. Випуск було здійснено за рахунок батьків ліцеїстів, залучались також спонсорські кошти. Головним досягненням цього видання є те, що воно стало результатом роботи багатьох людей, дуже різних (за віком, за фахом тощо), але об’єднаних спільною рисою – повагою до таланту людини. Зараз ми маємо вже шість випусків книги.

2016 рік став яскравим з боку учительських досягнень: у конкурсі «Учитель року – 2016» учитель англійської мови Кресан Н. П. посіла І місце на ІІ (обласному) етапі конкурсу та представляла Чернігівську область на Всеукраїнському етапі. Подією для колективу ліцею стало присвоєння звання «Людина року – 2016» вчителям Кресан Н.П. і Овчинниковій Т.А., «Жінка року» – Афанасовій С.І. та визначення переможцями загальноміського конкурсу «Талант року-2016», організованим благодійним фондом «Копиця», членів адміністрації та вчителів ліцею: Алєксєєнко С.Г., Коткової Л.І., Солдатенко С.І., Гавій В.М., Боровика В.В., Муквича М.М., Кедрова Б.Ю.

2016 рік став дуже важливим з боку фінансово-господарської діяльності: саме з цього часу запроваджено оплату комунальних послуг ліцею із міського бюджету.

У 2016 році в стінах ліцею відбулася знакова зустріч: до закладу завітала випускниця ліцею (2004 рік) наймолодший доктор фізико-математичних наук в Україні Ольга Броварець.

2017 приніс ліцею нові звершення й перемоги.

Завдяки ініціативі Піклувальної ради створено Благодійний фонд «Фонд розвитку ліцею». Суттєво оновлено матеріально-технічну базу: за кошти міського бюджету придбані мультимедійні проектори, проекційні екрани, навчальні дошки, ноутбуки, звукопідсилювальна апаратура.

У 2017 році було змінено тему дослідно-експериментальної роботи всеукраїнського рівня: завершено роботу за темою «Система профільного навчання в ліцеї як засіб формування соціально компетентної особистості випускника» (звіт відбувся в Інституті модернізації змісту освіти 06 грудня 2016 року) і розпочато за темою «Науково-методичні засади створення та функціонування всеукраїнського науково-методичного віртуального STEM-центру (ВНМВ STEM-центр)».

Саме 2017 рік приніс ліцею феєричну перемогу команди «Фортеця» на міському, обласному й окремих змаганнях всеукраїнського рівня Всеукраїнської дитячо-юнацької військово-патріотичної гри "Сокіл" (Джура).

2018 рік став роком підбиття підсумків, адже ліцей відсвяткував свій ювілей – 25 років із дня заснування закладу.

Починаючи саме із 2018 року, суттєво збільшився конкурс при вступі до ліцею.

Команда «Фортеця» знову стала переможцем міського й посіла сьоме місце на обласному етапі Всеукраїнської військово-патріотичної гри «Сокіл («Джура»)».

Проект ліцею «STEM-освіта в загальноосвітніх навчальних закладах міста Ніжина як дієвий інструмент Нової української школи» переміг в конкурсі «Громадський бюджет» і заклад отримав 400 тис. грн. для створення STEM-кабінету.

Подією для колективу ліцею стала перемога у номінації «Альма-матер року – 2017» щорічного загальноміського конкурсу «Людина року – 2017». 

Також заклад став переможцем загальноміського конкурсу «Талант року-2018» у номінації «Кращий навчальний заклад», організованого благодійним фондом «Копиця».

Завершився рік потужною програмою святкування 25-річчя ліцею, яка передбачала методичні й виховні заходи й завершилась феєричним святом «25 кадр». Свято об’єднало багатьох людей, серед яких – міський голова А. Лінник, депутати Ніжинської міської ради, народний депутат України О.Кодола, викладачі НДУ ім.. М. Гоголя на чолі із ректором О. Самойленком, представники міського та обласного управлінь освіти, директори шкіл міста, колишні працівники, батьки, учні. Було надзвичайно приємно отримати привітання від колишнього учня, а нині – народного депутата України В. Карпунцова, від депутата Обласної ради Н. Копиці. Свято вкотре продемонструвало просту істину: будь-який успіх – справа колективна!

2019 рік став роком оновлення діяльності ліцею відповідно до вимог нового Закону про освіту: було створено Стратегію розвитку ліцею на 2020-2023 роки та Внутрішню систему забезпечення якості освіти ліцею.

У 2020 році цю роботу було продовжено: уперше здійснено самооцінювання діяльності ліцею, уведено в дію Положення про академічну доброчесність, Положення про запобігання булінгу.

2020 рік став серйозним випробуванням для усього колективу ліцею через уведення довгострокових карантинів у зв’язку із коронавірусом і необхідністю упровадження дистанційного навчання. Колектив прийняв ці виклики достойно й у найкоротші терміни запровадив якісну систему дистанційної освіти, яка не дозволила знизити традиційно високі показники діяльності ліцею, головними з яких є результати участі ліцеїстів у зовнішньому незалежному оцінюванні.

Зокрема, відповідно до рейтингу шкіл України (Освіта.uа) за результатами ЗНО ліцей стабільно посідає перше місце в області та входить у 200 найкращих закладів України:

Ліцей пишається учнями, які отримують 200 балів під час зовнішнього незалежного оцінювання. На сьогодні 18 учнів ліцею мають 19 результатів 200 балів:

 Зокрема, колектив ліцею розпочав експеримент за темою «Організаційно-педагогічні умови розвитку освітнього середовища ліцею у період реформування профільної освіти» (наказ МОН України № 1216 від 12.11.2021р.). 

Одночасно продовжено участь у дослідно-експериментальній роботі за темою «Науково-методичні засади створення та функціонування Всеукраїнського науково-методичного віртуального STEM-центру (ВНМВ STEM-центр)». В рамках роботи вийшли друком збірки методичних матеріалів учителів ліцею «STEM – освіта: від теорії до практики» та «STEM-проєкти ліцейської молоді».

 Подією року стало відкриття STEM-лабораторії, що, в свою чергу, створює нові перспективи для розвитку ліцейської освіти.  
 Активізувалась робота із обдарованими учнями: збільшено кількість учасників і переможців, оновлено діяльність ЛНТ. 

 2022 рік назавжди увійде в історію України як рік початку війни. Неочікувані виклики, непередбачувані проблеми… Проте, навіть у цих умовах ліцеїсти демонструють високі результати навчання: випускники отримали 33 результати 200 балів під час НМТ.

2023 рік став роком перевірки на міцність для усього колективу: повітряні тривоги, вимкнення світла, дистанційне навчання, неймовірна психологічна напруга учнів, учителів, батьків… І попри все – старанне навчання, безперервна позакласна діяльність, інноваційна робота. За результатами НМТ-2023 ліцей традиційно увійшов у топ-200, посівши 133 місце у загальному всеукраїнському рейтингу, та має перше місце в області. Четверо учнів – Боришкевич Катерина, Пушенко Олександр, Блоха Марія і Ревенчук Єгор - стали призерами ІІІ етапу Всеукраїнського конкурсу-захисту науково-дослідницьких робіт учнів-членів МАН України, зокрема Боришкевич Катерина отримала диплом I ступеня (науковий керівник – Литовченко Н.Ф.). Протягом 2022-2023 року у ліцеї завершена дослідно-експериментальна робота за темою «Науково-методичні засади створення та функціонування Всеукраїнського науково-методичного віртуального STEM-центру (ВНМВ STEM-центр)» та продовжена за темою «Організаційно-педагогічні умови розвитку освітнього середовища ліцею у період реформування профільної освіти», що відображено у публікаціях.

Подією року стало виготовлення підводного дрону. Це стало можливим завдяки спільній праці учнів, учителів, батьків, спонсорів. Зокрема, керівником проєкту став Павло Кіндєєв, узяли участь учні Дубровний Михайло, Рашко Вероніка, Костенко Даниїл, Шугайов Станіслав, Гусєв Ростислав, Гордієнко Тимур, Пушенко Олександр, Носилевський Владислав, спонсорами виступили відомі ніжинські меценати Наталія Копиця і Сергій Охонько, а також Піклувальна рада ліцею. 

Цей рік є ювілейним. Ліцею виповнюється 30 років. Попри усі проблеми і негаразди наш заклад, продовжуючи найкращі освітянські традиції, упевнено крокує уперед і вгору, долаючи нові вершини і роблячи реальною казку під назвою ЛІЦЕЙ для нових поколінь ліцеїстів – як завжди, найрозумніших, найобдарованіших, найкращих! Ліцей – спільна любов, спільні досягнення, спільна праця. 

Результатом такої праці стає вступ випускників ліцею до найпрестижніших закладів вищої освіти, серед яких Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Київський політехнічний інститут, Київський національно-економічний університет імені Вадима Гетьмана, Київський національний транспортний університет, Ніжинський державний університет імені Миколи Гоголя.Педагогічний колектив, учні, батьки за сприяння Управління освіти та громадськості міста роблять і будуть надалі робити все можливе, аби зберегти й примножити надбання минулих років, зробити славні сторінки історії ліцею ще більш яскравими й значущими.